Біля давньої лазні і мінерального джерела, що в околицях села, Т.Легоцький в кінці ХІХ століття зібрав окремі кам’яні знаряддя, очевидно, епохи новокам’яного віку. На території Неліпиного виявлено рештки поселень часів неоліту (IV тисячоліття до н. е.) та бронзи (11 тисячоліття до н. е.).
Виявляється, до заснування села на берегах Вичі росли липи, під якими й облюбували собі місце перші поселенці. З цих дерев вони зробили собі й промисел: липу рубали, кололи на скалки, сушили та ставили у посуд з олією. Відтак після цього утворювались так звані гніти, які ввечері палили в хатах для освітлення. Люди із довколишніх поселень, коли йшли за «освітленням із лип», казали: йдемо на липино. Через це місцину і назвали Неліпино.
Перша згадка про село є в документах за 1430 рік. В Урбанському описі за 1641 рік село мало назву «Нолліпена», тоді як старою русинською мовою це слово означало «липа». Кількість жителів села значно скоротилася під час військових походів Ракоці та Текелі. Згідно з описом 1691 року з 38 кріпацьких хат і садиб залишилося тільки 13. Кенезство тоді належало родинам Романович, Фалес і Богуш, і щорічно управління селом переходило від одного роду до іншого. Священиком Неліпина на той період був Шимон Поп, який через бідність платив податок всього два форинти (замість чотирьох). Дерев’яна церква св. Параски Мучениці в селі вже на той час була старою (1635 р.).
